SNP-associated differential methylation in <i>ARHGEF38</i> : insights into genetic-epigenetic interactions
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Objective Associations have been seen between suicide and differential DNA methylation, with one study showing significant hypomethylation of ARHGEF38 in individuals with bipolar disorder who died by suicide. Our objective was to explore ARHGEF38 methylation in individuals with bipolar disorder and a history of suicide attempt.Method With pyrosequencing, we looked at the previously identified region of interest in ARHGEF38. We investigated the methylation levels of three CpG sites in 47 individuals with bipolar disorder and a history of suicide attempt, 47 individuals with bipolar disorder without a history of suicide attempt, and 47 non-bipolar disorder controls.Results None of the CpG sites measured had an association between groups, although there were distinct clusters of differential methylation in each group. Applying genotypes of SNPs found in the region of interest, rs2121558 and rs1447093, these clusters showed stepwise methylation at each CpG site, regardless of phenotype.Conclusions In this small sample size study, differential methylation in ARHGEF38 was not associated with history of suicide attempt, failing to replicate findings from a related outcome, suicide death. However, we did provide evidence of SNP and DNA methylation interplay in this region. This highlights the relevance of considering genetics when interrogating epigenetic mechanisms.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle