Convergent latitudinal erosion of circadian systems in a rapidly diversifying order of fishes
Notice bibliographique
Résumé
Biological clocks allow organisms to anticipate cyclical environmental changes, yet in high-latitude or deep-sea habitats, the diel cues that entrain these rhythms are often seasonally diminished or absent. Fishes of the order Perciformes have rapidly diversified across these arrhythmic ecosystems, raising the question of whether changes to circadian rhythms and biological clock genetic architecture are a component of their evolutionary success. Here, we used a comparative genomic approach to investigate patterns of core biological clock gene loss across 96 perciform and five outgroup species. We found widespread and lineage-specific loss in core clock genes, particularly in the convergently evolving polar and deep-sea suborders Notothenioidei and Cottoidei. This trend of clock gene loss was significantly amplified with higher-latitude species. To determine if these genomic signatures reflect a functional loss of rhythmicity, we performed metabolic phenotyping on three notothenioid species. We found a consistent lack of circadian metabolic oscillations during the late austral fall across all notothenioids, including the sub-Antarctic sister lineage to the cryonotothenioid adaptive radiation, Eleginops maclovinus. Experimental data across Perciformes, combined with suborder-wide patterns of gene loss, suggest that a release from circadian constraints occurred early in their diversification, potentially facilitating the repeated expansion of these fishes into polar and deep-sea habitats.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».