Reducing dextran sodium sulfate interference with gene expression quantification in a mouse model of colitis
Notice bibliographique
Résumé
Gene expression analysis via reverse transcription quantitative real-time polymerase chain reaction (qPCR) can be inhibited by various substances, including dextran sodium sulfate (DSS), a chemical commonly used to induce intestinal inflammation in animal models. Ensuring elimination and reduction of qPCR interference in tissues from laboratory animals following oral administration of DSS is critical and may improve the power of experimental tests. While methods for DSS removal have been reported, their effectiveness varies depending on the animal model, extraction techniques, DSS concentration, and treatment duration. We compared the effectiveness of the commonly used RNeasy Plus Universal Mini Kit with and without further lithium chloride (LiCl) precipitation at eliminating or reducing qPCR interference from RNA isolated from the colons of DSS-treated mice with histologically confirmed intestinal damage. The RNeasy Plus Universal Mini Kit alone was insufficient to eliminate interference in colonic tissue, as evidenced by increased quantification cycle (Cq) values and variation in the reference gene expression in DSS-treated distal colons (P adj. = 0.04). LiCl precipitation restored Cq values to control levels and reduced variation. DSS treatment did not lead to interference in non-enteric tissues, including the spleen and cortex. LiCl precipitation not only restored reference gene expression but also improved the detection of changes in inflammatory markers, Il-6 and Tnf, in colonic tissue. In proximal colons, Il-6 was upregulated 2.97-fold in DSS-treated (non-LiCl precipitated, P adj. = 0.007), and 4.00-fold following LiCl precipitation (P adj. = 0.0004), compared to control mice. In distal colons, Il-6 was upregulated 3.95-fold in DSS-treated (non-LiCl precipitated, P adj. = 0.014) and 5.57-fold after LiCl precipitation (P adj. = 0.001) compared to control. Tnf was upregulated 2.05-fold in DSS-treated (non-LiCl precipitated, P adj. = 0.04), and 2.44 (P adj. = 0.009) after LiCl precipitation compared to controls in proximal colons. In distal colons, Tnf was 3.47-fold higher in DSS-treated (non-LiCl precipitated, P adj. = 0.009) and 4.41-fold higher after LiCl precipitation (P adj. = 0.002) compared to control. These findings demonstrate that the combined use of the RNeasy Plus Universal Mini Kit and LiCl precipitation enhances qPCR performance, ensuring reliable gene expression analysis in colonic tissue following acute DSS treatment in a murine model.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».