Comparative structural insights of X protein across species and the “lost” BH3-like domain that may explain the absence of hepatocellular carcinoma in birds
Notice bibliographique
Résumé
Chronic hepatitis B virus (HBV) infection is a leading cause of hepatocellular carcinoma (HCC). HBV produces an X protein (HBx) that is heavily linked to HCC, a similar finding seen across the Orthohepadnaviruses. There is an analogous, but truncated form of the X protein in Avihepadnaviruses, but no HCC is seen in infected avian species. This raises questions about the differences between mammalian and avian X proteins and their potential roles in carcinogenesis. Here we explore this question from a structural perspective of X proteins across mammalian and avian hepadnaviruses to determine whether there are any structural features linking these interesting observations. We first compile sequences to create consensus sequences with which to align with each other and subsequently to input into modeling programs, RoseTTAFold (RF) and AlphaFold3 (AF3). Comparative analyses show that mammalian X proteins are longer (154aa and 141aa, respectively for HBx and WHx) and have distinct domains in their C-terminal region, including a BH3-like domain that has been linked with many cancer pathways. Avian X proteins, however, are truncated with a similarly located stop codon. This truncation rids the protein of the BH3-like domain. We sought to find this domain by theoretical read-through or frameshifts and indeed, an analogous BH3-like domain is found that can similarly bind the BH3 target Bcl-2. Based on this work, it may be evolutionarily plausible that a single-nucleotide insertion led to the stop codon and BH3-domain loss that may account for the lack of cancers seen with Avihepadnaviruses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».