Comparative Analysis of Transposable Element Evolution in Crustaceans
Notice bibliographique
Résumé
Transposable elements (TEs) are pivotal in driving genome evolution, playing a significant role in generating genetic diversity, modulating genome size, and inducing chromosome structural changes. Despite extensive research in model species, studies on TE evolution and structure in crustaceans are notably limited. This study offers an in-depth analysis of TEs diversity and its impact on representative crustacean genomes' genome structure and function. Our results revealed substantial variation in TE content among crustacean species, with levels ranging from 16.19% in Daphnia pulex to a high of 63.36% in Procambarus clarkii. Notably, species with larger genomes, such as P. clarkii and Homarus americanus, show a higher proportion of TEs, which implies that TE proliferation may be a major factor in the expansion of genome size. Analysis of sequence divergence across multiple TE subfamilies reveals 2 distinct peaks, suggesting that most crustacean species may have experienced at least 2 separate periods of TE expansion. The second peak, characterized by divergence rates between 0% and 5%, indicates a more recent episode of TE proliferation and implies potential ongoing activity. Phylogenetic signal analysis revealed distinct evolutionary dynamics among TEs: terminal inverted repeat (TIR) transposon elements initially contracted then expanded, long terminal repeat retrotransposon (LTR) and short interspersed nuclear element (SINE) elements consistently expanded, with TIRs evolving at significantly lower rates. Chronological analysis of LTR transposons in crustaceans revealed the recent proliferation of Bel-Pao, Copia, and Ty3 subfamilies, with species-specific patterns of diversification. Furthermore, the molt stage-specific expression of TEs in Eriocheir sinensis and Penaeus vannamei throughout the molting process suggests that TEs may play a role in regulating this periodic event. Generally, these results deepen our understanding of the role of TEs in crustacean genome evolution and hint at their possible involvement in regulating biological processes within these species.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».