Development and Characterization of a Fluorinated MS-Cleavable Cross-Linker for Structural Proteomics
Notice bibliographique
Résumé
Cross-linking mass spectrometry (XL-MS) is an important method for studying three-dimensional protein structures and mapping protein-protein interactions. Some limitations of XL-MS still consist of its use for in-cell and in vivo applications. To date, cross-linking reagents are urgently needed that can efficiently penetrate the cell membrane to comprehensively map protein-protein interaction networks in intact cells. In this study, the fluorinated MS-cleavable cross-linker bis(pentafluorophenyl) ureido-4,4'-dibutyrate (DPFU) is described. DPFU is based on the MS-cleavable cross-linker disuccinimidyl dibutyric urea (DSBU) with the aim of balancing the hydrophobicity and solubility to improve membrane permeability. DPFU was evaluated for its solubility behavior in different detergent solutions to optimize conditions for its potential application in live cells. Using bovine serum albumin (BSA) as a model protein, XL-MS experiments were conducted across different temperatures and cross-linker concentrations. Solubility assays identified sodium dodecyl sulfate (SDS) as effective for enhancing DPFU solubility in an aqueous environment. DPFU yielded fewer cross-links for BSA than DSBU, highlighting limitations regarding its cross-linking efficiency under similar experimental conditions. This study provides the first insights into fluorinated cross-linkers, suggesting that further optimization is needed for a broader application of DPFU for future in-cell XL-MS studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».