Oligo-FISH Validates Genome Assemblies and Delivers the Most Precise Karyotype for <i>Lens</i> Mill. Species
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Chromosome structural rearrangements play a significant role in karyotype evolution and speciation. These rearrangements pose challenges for precise karyotyping, leading to asymmetric chromosomes and complicating the assembly of a genus pan-genome for crops and their wild relatives. Lens culinaris , an important cool-season legume primarily cultivated in India and Canada, is the cultivated species among six wild relatives. All seven species of Lens face significant challenges due to chromosomal rearrangements, ranging from introgression issues to difficulties in developing a precise karyotype and advancing genomic studies. Using the gene synteny analysis between the cultivated Lens species and six wild relatives, we developed cross-species oligo-FISH (Fluorescent in situ hybridization) probes aiming to further attest to the genome assembly and synteny analysis of Lens species. Roots of seven Lens spp. accessions were harvested and used for chromosome spread preparations. Those slides were then used for Oligo-FISH experiments, where the DNA present in the slides was denatured, and a set of red and green oligo probes was hybridized to the chromosomes. Pictures were taken using a fluorescence microscope. The combination of both oligo sets/probes resulted in a distinct pattern for each Lens spp. chromosome, allowing the inference of the most precise karyotype to date for six Lens species. The number of oligo probe signals reflects the species’ phylogenetic proximity, while the distribution of those signals changed drastically within the same gene pool. The karyotyping of Lens confirmed the proper assignment of chromosomes in the genome assemblies and validated the rearrangements detected in the synteny analysis. Differences in the assembly probe prediction and the oligo-FISH results were used to improve the assemblies. The results attest to a higher sequence-level similarity among the closest related species despite the occurrence of several structural changes among them. The oligo-FISH probes can be used in conjunction with plant genome assembly projects, supporting the delivery of a precise representation of their physical chromosomes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».