Cross-Comparison Individual Patient-Level Analysis of Three Gene Expression Signatures in Localized Prostate in Over 50,000 Men
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE The 22-gene Decipher genomic classifier (GC) (22-gene GC) is the only gene expression test with National Comprehensive Cancer Network (NCCN) level 1 evidence for localized prostate cancer (PCa) treatment decision making. It is unclear whether other commercial signatures—Genomic Prostate Score (GPS) or Prolaris (cell cycle progression [CCP])—correlate sufficiently to explain differences in evidence strength. This study assesses correlation between these three classifiers on a per-patient basis by performing a cross-comparison of these signatures in a large cohort of patients diagnosed with PCa. MATERIALS AND METHODS: Primary PCa biopsy samples underwent whole-transcriptome gene expression microarray analysis. 22-gene GC scores were calculated using the commercially locked model. To reduce bias, GPS and CCP signatures were retrained for prediction of metastasis to harmonize end points. Pearson correlations and linear regressions (univariable/multivariable) adjusting for age, grade group, prostate-specific antigen (PSA), and T stage were calculated between signatures. RESULTS Among 50,881 patients (median age 68 years, median PSA 6.2 ng/mL), 60% were NCCN intermediate-risk. The GPS-derived and CCP-derived models had poor goodness-of-fit to 22-gene GC ( R 2 = 0.36 and 0.32, respectively). Multivariable analysis adjusting for clinical factors showed similar results. Given the many variables that may contribute to or correlate with the 22-gene GC, a multivariable R 2 analysis was performed to assess how much of the variation could be attributed to known factors. A variance analysis revealed approximately 60% of 22-gene GC variation remained unexplained. GPS-derived and CCP-derived models accounted for 24.7% and 22.7% of variance, respectively, with additional contributions from Gleason score. CONCLUSION Correlation between 22-gene GC and either GPS-derived or CCP-derived signatures is minimal to moderate. These tests are not interchangeable, and their use should be guided by the specific evidence supporting each signature.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».