Connectivity and Adaptation Patterns of the Deep-Sea Ground-Forming Sponge <i>Geodia hentscheli</i> Across Its Entire Distribution
Notice bibliographique
Résumé
Geodia hentscheli, a species forming sponge grounds in the North Atlantic and Arctic Oceans, is a common deep-sea organism, that plays a fundamental role in forming biogenic habitats. However, there is little information about gene flow and adaptation patterns of this species, which is crucial to develop effective management/conservation plans under current global change scenarios. Here, we generated ddRADseq data from 110 specimens of G. hentscheli, together with microbial profiling, transcriptomics, and metatranscriptomics for a selection of specimens to investigate their genetic diversity, molecular connectivity, and local adaptations. Sampling covered the species' entire distribution within a wide bathymetric range. We obtained 1,115 neutral SNPs and identified long-distance genetic connectivity among regions separated 1,000s of km, but strong genetic structure segregating populations by depth at ca. 1,300 m, in line with our microbial analyses. Coalescent analyses inferred the split of these depth-related genetic entities ∼10 KYA, coincident with the last postglacial maximum. Analyses of SNPs under selection, combined with transcriptomic and metatranscriptomic data highlight the presence of several sponge genes and microbial metabolic pathways involved in adaptation to depth, including heat shock proteins and fatty acids, among others. The physiological plasticity of the sponge and its microbiome as a function of depth suggest the existence of a host-microbiome metabolic compensation for G. hentscheli. This study provides a multiscale paradigmatic example of the depth-differentiation hypothesis, a phenomenon mainly caused by changes in environmental conditions at different depths, mainly related to the presence of water masses with different characteristics that drive local adaptations.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».