RNA Structure Directs RNA Partitioning and is Actively Disrupted inside Stress Granules to Enable Cellular Recovery
Notice bibliographique
Résumé
Abstract RNA structures play important roles in liquid-liquid phase separation. However, how it is regulated during stress response and stress granule formation is still under studied. Here, we performed in vivo RNA structure probing before and after sodium arsenite treatment, and in stress granules. While RNAs generally become more double-stranded upon stress, they maintain their single-strandedness inside stress granules. We showed that RNA single-strandedness enables increased inclusion inside stress granules and that stress granule-enriched RNAs form fewer intra- and intermolecular RNA-RNA interactions. Additionally, several RNA binding proteins including SRSF1 are enriched in differential structure regions. eCLIP analysis revealed that SRSF1 binds to single-stranded regions along RNAs, and increased SRSF1 binding enabled better inclusion of RNAs in stress granules, whereas depletion of SRSF1 decreased stress granule formation under mild oxidative stress. We also observed the active unwinding of RNAs inside stress granules regulated by helicases, including DDX3X, and showed that inhibition of DDX3X results in slower dissolution of stress granules during recovery. Our study reveals the existence of multiple mechanisms to maintain RNA single-strandedness inside stress granules and to allow reversibility of stress granule formation, highlighting the importance of regulating RNA structure to enable cellular plasticity and stress response.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».