Analysis of chondroitin degradation by components of a Bacteroides caccae polysaccharide utilization locus
Notice bibliographique
Résumé
The human gut microbiota (HGM) possesses an enormously diverse capacity to metabolize both host and dietary glycans. Glycosaminoglycans (GAG) are complex polysaccharides that may be in the diet (e.g., from animal products) or may be presented by host tissues. These polysaccharides are known to be prioritized as a nutrient source by some members of the HGM. While significant advances in understanding how GAGs are metabolized by the HGM have been made, the varied architectures of the numerous polysaccharide utilization loci (PULs) targeting varied polysaccharides suggest that all the mechanisms of GAG degradation may not have been uncovered. Here we show that components of a (PUL) from Bacteroides caccae have activities consistent with comprising a unique pathway for depolymerization of chondroitin sulfate, a common GAG. After prior desulfation by an endo-sulfatase, BcSulf, to produce unsulfated chondroitin from chondroitin sulfate, the depolymerization pathway begins with the activity of a polysaccharide lyase from family 35, BcPL35. BcPL35 activity is coupled with BcGH88, an exo-β-uronyl hydrolase, and presumably BcGH109, a confirmed α/β-N-acetylgalactosaminidase. The most unique feature of the pathway is a β-D-glucuronate dehydratase, BcGDH, which we show through structural and functional analyses primes saturated non-reducing end β-D-glucuronate residues for hydrolysis by BcGH88. BcGDH is a member of a large family previously classified as glycoside hydrolase family 154. The potential reclassification of GH154 enzymes as uronate sugar dehydratases not only improves our understanding of chondroitin metabolism by B. caccae but will be broadly applicable to predicting the function of other pathways relevant to uronate sugar metabolism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».