Genome-wide characterization of upper Fraser River sockeye salmon identifies a region of major differentiation between run timing groups in the Stuart River Watershed
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Effective wildlife conservation and management depends on a thorough understanding of both neutral and adaptive intraspecific genomic variation. Although population structure is often well understood for many ecologically or economically important species, the extensive population genomic resources required to characterize putatively adaptive variation, for example in punctuated genomic regions, is typically only recently available in many species, if at all. Here we explore recently published whole-genome resequencing data in the upper Fraser River and identify a large island of divergence separating populations with different run timings in the Nechako Watershed. The island of divergence at approximately 56.3-58.0 Mbp of Chr18 has extended homozygosity and reduced Tajima’s D in specific populations of the upper Fraser River. These include the Nadina and Stellako River sockeye, as well as the Stuart-Summer run timing group, but not the geographically proximal Early Stuart sockeye. In the populations without the Stuart-Summer haploblock, genetic variation looks more similar to elsewhere throughout the chromosome. When investigating the gene content of this region, importantly it was determined to contain the leucine rich-repeat containing 9-like ( lrrc9-like ) gene and surrounding homeologous region to the lrrc9 region of Chr12, known to contain a conserved and selected island of divergence that has been associated with life history traits and run timing throughout the species range. By also inspecting the samples in the present work at the Chr12 haploblock, three genotypic states were observed throughout the region, although the Stuart River run timing groups contained mainly the reference haplotype. Using similar methods, no other regions of major differentiation were observed in the available samples for the Chilcotin or Quesnel River systems. These results provide additional evidence for the importance of both homeologous regions holding lrrc9 and lrrc9-like in different geographic regions and underscore the uniqueness of upper Fraser River sockeye in this potentially adaptive island of divergence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».