Revised Efficient and Reproducible Synthesis of an Fmoc-protected Tn Antigen
Notice bibliographique
Résumé
In 2021, our team reported a concise synthesis of Thomsen-Nouveau (Tn) antigen, a tumour-associated O-linked mucin glycopeptide. We have since realized that our characterization of the reported glycoside was mistaken. Instead of the intended ether-bonded α anomer, the β-anomer containing an ester glycosidic bond was formed using palladium catalysis and characterised incorrectly as the spectra are remarkably similar. We demonstrated this conclusively be repeating Danishefky’s synthesis, with some required modifications of the protocol, of Fmoc-Tn for confirmation. The error is too significant for a correction as it does affect the conclusions of the work, and the original paper has been retracted, though its work is included in this manuscript. In this replacement we report a successful synthesis of the Tn antigen using adjusted glycosylation conditions: a different glycosyl acceptor, N-Fmoc serine benzyl ester, using TMSOTf as the catalyst. This remains, to the best of our knowledge, the shortest Tn antigen synthesis reported from galactose, although it provides the Tn antigen now. Furthermore, this route gives ready access to an essential Tn antigen building block that can be used for large-scale solid phase peptide synthesis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».