Characterisation of the genome and secretome of Phytophthora cryptogea and P. erythroseptica
Notice bibliographique
Résumé
Phytophthora cryptogea Pethybr. & Laff. and P. erythroseptica Pethybr. are oomycetes that cause root rot diseases of multiple plant species, including serious diseases of potato. These two species of Phytophthora were originally reported in Ireland more than 100 years ago and are closely related phylogenetically and morphologically similar. Both species have wide host ranges and can hybridise with each other. In this study, we sequenced whole genomes of the ex-type strain of P. cryptogea (CBS 113.19) and the authentic strain of P. erythroseptica (P6180). The genomes of the two isolates were assembled into 52.5 Mb and 74.7 Mb, respectively. A total of 11,654 protein-encoding genes were predicted for P. cryptogea and 15,970 for P. erythroseptica. Phylogenomic analyses of 2012 single-copy orthologous genes and 99 BUSCO genes from the stramenopiles dataset confirmed that they are sister species and show that they belong to Phytophthora clade 8. The secretome analysis of P. erythroseptica P6180, P. cryptogea CBS 418.71 and P. cryptogea CBS 113.19 may provide information for future research on resistance-breeding targets and strategies for pathogen control. This genomic characterisation of the two Phytophthora species provides additional reference data that might be useful for future studies on Phytophthora genetic variation, pathogenicity and biological traits.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».