Structural analysis of the lncRNA SChLAP1 reveals protein binding interfaces and a conformationally heterogenous retroviral insertion
Notice bibliographique
Résumé
The lncRNA second chromosome locus associated with prostate 1 (SChLAP1) was previously identified as a predictive biomarker and potential driver of aggressive prostate cancer. Recent work suggested that SChLAP1 may bind the SWI/SNF chromatin remodeling complex to promote prostate cancer metastasis, though the exact role of SWI/SNF recognition is debated. To date, there are no detailed biochemical studies of apo SChLAP1 or SChLAP1:protein complexes. Herein, we report the first secondary structure model of SChLAP1 using SHAPE-MaP in vitro, in cellulo, and ex cellulo (protein-free). Comparison of the ex cellulo and in cellulo data via ΔSHAPE identified putative protein binding regions within SChLAP1. In addition, phylogenetic analysis revealed that SChLAP1 is a primate-conserved lncRNA, with two exons significantly derived from primate-specific retroviral insertions. In particular, we characterized a complex structural landscape in a protein binding region at the 3′-end of SChLAP1 derived from a THE1B-type retroviral insertion, suggesting a role for an exapted RNA structure in SChLAP1:protein recognition and prostate cancer progression. Lastly, pulldowns of SChLAP1 substructures enabled identification of previously unestablished SChLAP1-interacting proteins. This work lays the foundation for future efforts to selectively target and disrupt SChLAP1 structures and/or protein interfaces and to develop new therapeutic avenues in prostate cancer treatment.
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Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».