Association between methylation quantitative trait loci and colorectal cancer risk, survival and cancer recurrence
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Epigenetic changes contribute to colorectal cancer (CRC) pathogenesis. We investigated whether methylation quantitative trait loci (mQTLs) are associated with CRC risk, survival and recurrence. METHODS: Using a well-characterised Scottish case-control study (6821 CRC cases, 14,692 controls), we derived 118,982 mQTLs based on the Genetics of DNA Methylation Consortium (GoDMC). Association analysis between mQTLs and CRC risk, survival and recurrence was performed using logistic regression or Cox models respectively. Additionally, colocalisation analysis was performed. RESULTS: ). Four regions mapped to POU5F1B, POU2AF2 (c11orf53)/POU2AF3 (COLCA2), GREM1 and CABLES2 were previously identified. Four regions mapped to PPA2, PANDAR/LAP3P2, POU6F1 and CTIF contained SNPs previously identified by CRC GWAS but with SNPs annotated to different genes. We found no evidence that any of the 19 mQTLs associated with CRC risk influenced survival or recurrence after FDR correction. Colocalisation analysis suggested that in three of the ten regions the causal variants were shared for methylation and CRC risk. CONCLUSION: This study adds to the repertoire of CRC genes. However, we found no associations between methylation and CRC survival or recurrence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».