Transcriptome Analysis Highlights Key Differentially Expressed Genes Involved in Autolysis Process in Polychaete <i>Perinereis aibuhitensis</i>
Notice bibliographique
Résumé
Perinereis aibuhitensis belongs to Annelida, Polychaeta, and mainly lives in intertidal zones along the coast of China and several Southeast Asian countries. The P. aibuhitensis has a similar autolysis phenomenon to sea cucumbers, both of which belong to predeath autolysis. This study aimed to investigate the autolysis pathway and reveal the autolysis mechanisms of P. aibuhitensis . The second‐generation transcriptomes of the P. aibuhitensis at different stages of autolysis were sequenced and analyzed and the authenticity of the transcriptomic data was verified by real‐time fluorescence quantitative PCR (RT‐qPCR). A total of 78,653 unigenes were obtained after sequencing, including 1495 differentially expressed genes (DEGs) in the P0h vs. P72hDS (drilled sandworms) groups, 1995 DEGs in the P0h vs. P72hUD (undrilled sandworms) groups and 34 DEGs in the P72hDS vs. P72hUD. The DEGs were mainly concentrated in ECM–receptor interaction (collagen alpha‐5[IV], collagen alpha‐1[I], agrin), apoptosis‐multiple species (caspase‐7, bcl‐2, baculoviral IAP repeat‐containing protein 5‐like, septin‐5), arachidonic acid (AA) metabolism pathways (carbonyl reductase [NADPH] 1, glutathione (GSH) peroxidase‐like, thromboxane‐A synthase, secretory phospholipases A2) and metabolism of xenobiotics by cytochrome P450 (CYP450; glucuronosyltransferase, GSH S‐transferase, CYP450 family 1 subfamily A1, teroid 17‐alpha‐hydroxylase, alcohol dehydrogenase). These DEGs were related to cell morphology, cell apoptosis, antioxidant defense response, material and energy metabolism, nerve and muscle damage, etc. In addition, endogenous proteases such as HYAL1 and matrix metalloproteinase‐9 (MMP9) were also found to have significant differences between P0h and P72h groups. Four DEGs were screened and subjected to RT‐qPCR detection, which confirmed the accuracy of the transcriptome results and also suggested that these genes were closely related to autolysis in P. aibuhitensis . All these results provide a basis for the study of the autolysis process and related genes in P. aibuhitensis and also contribute to the study of the autolysis mechanism in other marine animals.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».