Emergency and persistence of Escherichia coli ST131 as community-onset antimicrobial resistant urinary tract infection in Rio de Janeiro, Brazil
Notice bibliographique
Résumé
Urinary Tract Infections (UTI) are among the most common public health problems worldwide, mostly caused by Escherichia coli. High-risk pandemic clones, especially ST131, are known for their association with multidrug resistance. A better understanding of epidemiologic and molecular characteristics may provide insights into the dissemination and evolution of this pathogen. The present study aims to investigate selected clonal characteristics of a large collection of UTI-causing E. coli isolates from Rio de Janeiro, an urban center in Brazil. We set up a collection of 992 E. coli isolates from patients with UTI in 2019. We determined antimicrobial susceptibility, Extended Spectrum Betalactamase (ESBL) production and clonal composition of isolates and compared results with data from 2015. Frequencies of four most isolated pandemic clones (ST131, ST69, ST73 and ST95) were determined by PCR; ST131 clades were determined by PCR and fimH gene sequence; ESBL-producing isolates underwent MLST. Resistance frequencies were > 30 % for ampicillin and ciprofloxacin. ST131 isolates were the most frequent clone (14 %), increasing significantly from 2015, comprising 52 % of all ESBL-producing strains. Clade C formed most ST131 isolates (56 %), including 40 % of all ESBL-producing isolates, most in Clade C2; almost all fimH30. ST131, formed by heterogeneous lineages, was established as a major source of ESBL isolates in the community, with a major contribution to antimicrobial resistant UTI.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».