TBpore cluster: A novel phylogenetic pipeline for tuberculosis transmission studies using nanopore next-generation sequencing data
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Molecular typing of Mycobacterium tuberculosis complex isolates enhances understanding of tuberculosis (TB) transmission dynamics, supporting public health efforts in outbreak investigations. This study aims to validate TBpore, a novel bioinformatic pipeline for clustering TB transmission isolates using Oxford Nanopore Technology (ONT) data and comparing it against conventional Mycobacterial Interspersed Repetitive-Unit Variable Number (MIRU-VNTR) typing and Illumina sequencing. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: This retrospective case-control study included 58 clinical isolates from two TB outbreaks in Canada, previously characterized by public health investigations and MIRU-VNTR typing. DNA extraction and sequencing were performed on both Illumina and ONT platforms. Illumina data were processed using Clockwork and psdm, while Nanopore data were analyzed with TBpore. SNP distances were used to compare clustering results across methods, with clusters defined by SNP distance thresholds of ≤5 and ≤12. Both sequencing methods showed a high degree of concordance in clustering results. All isolates from the M. africanum outbreak clustered within the defined SNP thresholds, consistent with MIRU-VNTR and epidemiological data. In the M. tuberculosis outbreak, 20 out of 21 isolates clustered similarly across methods, with one exception. Within outbreak pairwise SNP distances were lower with Nanopore. CONCLUSION/SIGNIFICANCE: ONT sequencing and the TBpore pipeline offer an accurate alternative to Illumina technology for TB molecular epidemiology. This study suggests potential increased clustering sensitivity with Nanopore technology, warranting further validation on larger datasets with robust epidemiological metadata.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,003 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».