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Enregistrement W4411363036 · doi:10.3791/65457

Delineating the Metabolic Phenotype of Biopsy-Derived Kidney Cells

2025· article· en· W4411363036 sur OpenAlexaff
Masataka Kawamura, Catherine Parmentier, Lisa A. Robinson, Markus Selzner, Caitríona M. McEvoy, Julia Murphy, Maya Gabrielle Bozzo-Rey, Sarah Q. Crome, Ana Konvalinka, Sergi Clotet‐Freixas

Notice bibliographique

RevueJournal of Visualized Experiments · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueChronic Kidney Disease and Diabetes
Établissements canadiensSt. Joseph’s Healthcare HamiltonTrinity CollegeHospital for Sick ChildrenUniversity Health Network
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPhenotypeKidneyPathologyBiologyBiopsyCell biologyMedicineComputational biologyGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Kidney transplantation is the optimal treatment for end-stage kidney disease; however, transplanted kidneys are often lost prematurely, with up to 50% graft loss at 10 years post-transplant. One of the major causes of premature graft loss is the injury sustained by the graft at the time of transplantation, known as ischemia-reperfusion injury (IRI). Delayed graft function (DGF), defined as the need for dialysis in the first week post-transplant, is a manifestation of severe IRI that shows functional and histologic features of acute kidney injury (AKI). While the mechanisms driving AKI remain unclear, accumulating evidence suggests that altered metabolic function in the allograft mediates AKI and may be the reason for DGF. Thus, deciphering and monitoring the metabolic underpinnings of IRI will improve our capacity to diagnose and prevent AKI. This article describes a unique method to assess mitochondrial respiration (by means of oxygen consumption rate), glycolysis (extracellular acidification rate), and intracellular ATP levels in needle biopsy-derived kidney cell suspensions. The methodology has been optimized in healthy adult male pigs and validated in a porcine model of auto-transplantation. The approach presented has the potential to enhance the real-time assessment of kidney allograft viability in the clinic. Profiling metabolism in patient-derived biopsies may also uncover new biology in other metabolism-based kidney diseases.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,022
Tête enseignante GPT0,412
Écart entre enseignants0,390 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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