Global genetic diversity of Infectious Salmon Anemia Virus (ISAV) a scoping review protocol
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Infectious salmon anemia virus is one of the most important pathogens responsible for causing infectious salmon anemia in Atlantic salmon (Salmo salar). Following its first emergence in 1980s in Norway, it has been reported in several salmon producing countries worldwide, with new variants frequently reported. These variants mostly exhibit differences in segments 5 and 6 of the genome, which contribute to the genetic diversity and variability in virulence. Despite the considerable economic losses associated with ISA, there remains a critical gap in available information on genetic diversity and classification. This study aims to provide a comprehensive and up-to-date synopsis of all known ISAV variants worldwide. METHODS: The Population, Concept, Context approach was used to formulate the research primary question. The primary research question of this review is "What variants of ISAV with respect to segment 5 and 6 has been identified globally in Atlantic salmon?" To address this question, four databases: PubMed, CAB Abstracts via (EBSCO host), Scopus, and the Earth, Atmospheric & Aquatic Science Collection via ProQuest will be used for primary literature search with no language and geographical area restrictions. Studies will be screened using predefined inclusion and exclusion criteria and will be imported in COVIDENCE. Two co-authors will independently screen, extract data, and assess the selected studies. Any discrepancies between the authors will be resolved with the assistance of two other co-authors in each stage of the protocol. DISCUSSION: To the best of our knowledge, this protocol outlines the first scoping review which will provide insights into the genetic diversity of ISAV, offering a comprehensive overview of the reported variants and their distribution globally. These findings could enhance our understanding of the genetic diversity of the virus, help customize mitigation strategies based on variants involved and provide foundation to develop a universally accepted nomenclature system.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,099 | 0,122 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,003 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,007 | 0,009 |
| Bibliométrie | 0,026 | 0,015 |
| Études des sciences et des technologies | 0,005 | 0,004 |
| Communication savante | 0,008 | 0,008 |
| Science ouverte | 0,006 | 0,009 |
| Intégrité de la recherche | 0,007 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,112 | 0,016 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».