Keragaman Genetik Ikan Kerapu <i>Epinephelus areolatus</i> di Perairan Selatan Kepala Burung Papua
Notice bibliographique
Résumé
Ikan kerapu Epinephelus areolatus adalah salah satu spesies ikan laut dalam genus Epinephelus yang penting secara ekologi, ekonomi, biologi, dan pangan. Genus ini tergolong tinggi tingkat keanekaragamannya. Meskipun demikian, informasi keragaman genetik spesies E. areolatus di bagian selatan bentang laut kepala burung Papua (Bird’s Head Seascape, BHS) masih terbatas. Tujuan penelitian ini adalah menentukan keragaman genetik ikan kerapu E. areolatus baik secara individu, populasi, dan antar populasi di selatan BHS. Untuk mencapai tujuan ini, peneliti telah mengumpulkan sampel ikan dari Fakfak dan Kaimana pada Agustus 2024. Analisis laboratorium dilakukan pada September 2025 menggunakan penanda genetik Cytochrome c oxidase sub unit 1 (COI) DNA mitokondria. Isolasi genom, amplifikasi gen COI, elektroforesis dan sekuensing fragmen gen COI adalah tahapan dalam analisis laboratorium ini. Hasil sekuensing pada 13 individu memperoleh panjang fragmen 665 panjang basa (pb). Hasil blast dan boldsystem terhadap ke-13 sekuens individu memastikan 12 sampel diantaranya adalah E. areolatus. Total teridientifikasi 35 sisi nukleotida yang berbeda antar individu spesies E. areolatus. Total 6 haplotipe yang teridentifikasi pada penelitian ini dengan keragaman haplotipe (Hd) populasi E. areolatus di Kaimana 0,85714 dan keragaman nukleotida (Pi) 0,0193, sedangkan keragaman haplotipe di perairan Fakfak sebesar 0.8333 dan keragaman nukleotida 0,0272. Jarak genetik rata-rata antar individu adalah 0.000 – 0.053. Ikan kerapu Fakfak dan Kaimana memiliki hubungan yang sangat dekat yang ditunjukkan oleh pohon filogenetik dan jaringan haplotipe. Populasi ikan BHS ini juga mengalami pencampuran genetik dengan spesies yang sama asal perairan Pasifik seperti China, Philipina, Canada, dan lainnya.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».