Deep structure–function analysis of the endonuclease Mus81 with dominant mutational scanning
Notice bibliographique
Résumé
Protein structure–function relationships are critical for understanding molecular mechanisms and the impacts of genetic variation. Mutational scanning approaches can deliver scalable analysis, usually through the study of loss-of-function variants. Rarer dominant negative and gain-of-function variants can be more information rich, as they retain a stable proteoform and can be used to dissect molecular function while retaining biological context. Dominant variant proteoforms can still engage substrates and interact with binding partners. Here, we probe the structure–function relationships of the Mus81 endonuclease by ectopic expression of deep mutational scanning libraries to find amino acid variants that confer dominant sensitivity to genotoxic stress and dominant synthetic lethality. Screening more than 2,200 MUS81 variants at 100 positions identified 13 amino acids that can be altered to elicit a dominant phenotype. The dominant phenotype of these variants required the presence of the obligate Mus81 binding protein, Mms4. The dominant variants affect amino acids in a contiguous surface on Mus81 and fall into two distinct classes: residues that bind the catalytic magnesium atoms and residues that form the hydrophobic wedge. Most of the variant amino acids were conserved across species and cognate variants expressed in human cell lines resulted in dominant sensitivity to replication stress and synthetic growth defects in cells lacking BLM helicase. The dominant variants in both yeast and human MUS81 resulted in phenotypes distinct from a MUS81 knockout. These data demonstrate the utility of dominant genetics using ectopic expression of amino acid site saturation variant libraries to link function to protein structure providing insight into molecular mechanisms.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».