Large scale MPro MERS-CoV protein expression setup and operation of Single Use Bubble Column Reactors : Litre-Scale Expression of Recombinant Proteins for Structural Biology and Drug Design (SBDD) v1
Notice bibliographique
Résumé
This protocol describes a novel single-use Bubble Column Reactor (suBCR) array system for large-scale recombinant protein production in E. coli, specifically demonstrated with MERS-CoV main protease (MPro). Traditional shake-flask methods are inadequate for meeting the high protein quantities required for structure-based drug discovery (SBDD) workflows, particularly when multiple protein constructs need to be evaluated simultaneously. The suBCR system enables parallel 1-liter E. coli batch cultivation using disposable bioreactor bags arranged in a heated water bath with controlled aeration. The protocol utilizes auto-induction Terrific Broth media supplemented with antifoam, antibiotics, and glycerol. Cultures are inoculated with starter cultures and grown at 37°C for approximately 4 hours until reaching exponential phase, followed by overnight protein expression at ambient temperature (25-27°C) for 16-20 hours. The system achieved successful expression of MERS-CoV MPro protein with high yields, producing 199.5 g wet cell weight from 6 liters total culture volume (OD₆₀₀ = 39.6). Quality control using rapid nickel-magnetic bead purification and SDS-PAGE analysis confirmed successful protein overexpression. The suBCR array addresses the bottleneck of insufficient protein quantities in structural biology pipelines while reducing labor burden and increasing throughput compared to conventional methods. This scalable, cost-effective approach represents a significant advancement in protein production methodology for structural biology and drug discovery applications, offering a practical solution for laboratories requiring multiple protein constructs for crystallographic studies.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».