Epigenome-Wide Analysis Identifies Pollution-Sensitive Loci in Fibrotic Interstitial Lung Disease
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Rationale Particulate matter ≤2.5 μm (PM2.5) adversely impacts patients with fibrotic interstitial lung disease (fILD). Objectives We sought to determine whether PM2.5-associated epigenetic alterations contribute to the environmental pathogenesis of fILD. Methods A retrospective two-cohort study applied satellite-derived PM2.5 and constituent exposure matching to the residential location of patients with fILD. Robust linear regressions were used to evaluate cohort-specific, epigenome-wide differential blood DNA methylation with increasing pollutant exposures (Illumina MethylationEPIC BeadChip). Cox and linear regressions were used to evaluate associations of cytosine-phosphate-guanine (CpG) loci with transplant-free survival and lung function. A Wilcoxon test was used to evaluate cartilage-associated protein (CRTAP) levels in fILD and control lungs. Measurements and Main Results The University of Pittsburgh cohort (n = 306) had 5-year median PM2.5 exposures of 12.1 μg/m3 compared with 5.1 μg/m3 in the University of British Columbia cohort (n = 170). Higher pollutant exposures in the University of Pittsburgh cohort were associated with lower methylation at cg25354716, annotated to CRTAP, a critical extracellular matrix remodeling enzyme. Higher exposures in the University of British Columbia cohort were associated with higher methylation at cg01019301, annotated to TLN2 (talin-2), a cytoskeletal protein involved in fibroblast migration. A 10% increase in cg25354716 methylation was associated with a hazard ratio of 0.81 for death or lung transplantation in the meta-analyzed cohorts (95% confidence interval = 0.69–0.96; P = 0.01), whereas the same change in cg01019301 was associated with a hazard ratio of 1.36 (95% confidence interval = 1.07–1.74; P = 0.01). CRTAP protein was more abundant in lungs from patients with fILD compared with those from donor controls (P < 0.001). Conclusions PM2.5 is associated with altered blood DNA methylation in fILD. This work identifies novel pollution-sensitive targets that hold potential for therapeutic modulation in fILD.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».