Measuring genetic diversity of Texas bluegrass and allele sharing with Kentucky bluegrass interspecific hybrids using genome-wide markers
Notice bibliographique
Résumé
Kentucky bluegrass is an important cool-season turfgrass species. However, heat and drought tolerance is an issue. Interspecific hybridization with a related species, Texas bluegrass, is an approach used to improve heat and drought tolerance. We report herein a contig assembly and annotation of Texas bluegrass that was completed and used to measure the population structure of Texas bluegrass, interspecific lines between Texas and Kentucky bluegrass, and the percent allele sharing between advanced interspecific lines and cultivars to Texas bluegrass. The contig assembly was comprised of 367 contigs and spanned 6.6 Gb with 198,746 predicted gene models and an assembly and transcriptome completeness of over 97% as indicated by BUSCO orthologous gene alignment. It was used to call 14,504 high-quality SNPs. A principal component analysis showed separation of populations across the first 3 PCs, explaining 21.5, 11.1, and 5.4%, respectively, of the variation across the populations. Advanced interspecific lines and cultivars diverged from Texas bluegrass while sharing 62-74% of their alleles with Texas bluegrass. Interspecific Texas × Kentucky bluegrasses could be important for improving heat and drought tolerance among bluegrasses.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».