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Enregistrement W4411497601 · doi:10.1038/s41564-025-02035-2

Guidelines for preventing and reporting contamination in low-biomass microbiome studies

2025· review· en· W4411497601 sur OpenAlexaff
Noah Fierer, Pok Man Leung, Rachael Lappan, Raphael Eisenhofer, Francesco Ricci, Sophie I. Holland, Nicholas B. Dragone, Linda L. Blackall, Xiyang Dong, Cristina Dorador, Belinda C. Ferrari, Jacqueline Goordial, Susan Holmes, Fumio Inagaki, Tal Korem, Simone S. Li, Thulani P. Makhalanyane, Jessica L. Metcalf, Niranjan Nagarajan, William D. Orsi, Erin R. Shanahan, Alan W. Walker, Laura S. Weyrich, Jack A. Gilbert, Amy D. Willis, Benjamin J. Callahan, Ashley Shade, Julian Parkhill, Jillian F. Banfield, Chris Greening

Notice bibliographique

RevueNature Microbiology · 2025
Typereview
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGut microbiota and health
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesDepartment of Microbiology, Faculty of Science, Chulalongkorn UniversityMonash Biomedicine Discovery Institute, Monash UniversitySchool of Life and Environmental Sciences, Deakin UniversityNational Health and Medical Research CouncilAustralian Research CouncilIrving Medical Center, Columbia UniversityHuck Institutes of the Life SciencesCentre for Biotechnology and BioengineeringVetAgro SupLudwig-Maximilians-Universität MünchenJapan Agency for Marine-Earth Science and TechnologyGenome Institute of SingaporeColorado State UniversityUniversiteit StellenboschUniversity of MelbourneMonash UniversityUniversity of SydneyUniversity of California, San DiegoUniversity of New South WalesCentre National de la Recherche ScientifiqueCooperative Institute for Research in Environmental SciencesUniversity of Colorado BoulderNational Science FoundationUniversity of AberdeenCollege of Veterinary Medicine, North Carolina State UniversityDepartment of Education and TrainingOffice of Polar ProgramsUniversity of WashingtonInstitut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'EnvironnementAgency for Science, Technology and ResearchHuman Frontier Science ProgramNorth Carolina State UniversityUniversidad de AntofagastaNational University of Singapore
Mots-clésContaminationBiomass (ecology)MetagenomicsMicrobiomeEnvironmental scienceBiotechnologyEnvironmental chemistryBiologyEcologyBioinformaticsChemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex
Aucun résumé dans les sources couvertes. Son absence est consignée, pas traitée comme un négatif.

Aucun résumé. Ce n'est pas une lacune de cette base de données : OpenAlex n'en a pas non plus. 23,3 % de la base est dans cet état, et le tri y repère MOITIÉ moins de métarecherche ; l'absence est donc un biais mesuré, et non un champ manquant.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,051
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,095
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,051
Score d'incertitude au seuil0,269

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0510,095
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,004
Bibliométrie0,0070,004
Études des sciences et des technologies0,0010,005
Communication savante0,0040,003
Science ouverte0,0070,004
Intégrité de la recherche0,0090,007
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0060,007

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,074
Tête enseignante GPT0,458
Écart entre enseignants0,384 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations79
Publié2025
Routes d'admission1
Résumé présentnon

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