Allelic Diversity, De Novo CAG Expansions and Intergenerational Instability at the HTT Locus in a Sample from India
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background: Huntington’s disease (HD) is an inherited, neurodegenerative disorder caused by the expansion of an unstable CAG repeat sequence in the Huntingtin (HTT) gene. The prevalence of HD, allelic diversity, rate of novel expansions and the clinical correlates vary across populations. Objective: We analyzed the diversity of alleles and their clinical correlates and examined the inheritance patterns and the pattern of instability of CAG repeats in a few families. Methods: Clinical history and pedigree structure were collected from records or through interviews between 2016 and 2019. Genetic testing at the HD locus was done on clinical suspicion, or relatedness, after counseling. Descriptive statistics and correlation analysis were used. Results: Expanded repeats were detected in 239 individuals, including 232 who were symptomatic and 7 presymptomatic relatives. The number of CAG repeats (mean = 45.6) and age at onset (mean = 39.2 years) showed a strong inverse correlation ( r = -0.67). We found atypical alleles such as 8 intermediate alleles (IA), 12 reduced penetrance alleles and 14 large (>60) expansion alleles corresponding to juvenile HD. Three individuals carried biallelic expansions. Paternal inheritance was more common, and the mean increase in repeats in the available parent-child pairs was 14. Thirty-seven individuals had no family history of HD, with de novo expansion confirmed in three cases. Conclusions: Novel mutations at the HTT locus may not be rare in India. A lack of family history should not exclude appropriate testing. The prevalence of IA and incidence of de novo expansions suggest that there may be a reservoir of alleles prone to expansion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».