Analysis of GEN1 as a Breast Cancer Susceptibility Gene in Polish Women
Notice bibliographique
Résumé
GEN1 is implicated in DNA damage repair, as are several other breast cancer susceptibility genes, and is included in several comprehensive next-generation sequencing (NGS) testing panels. To investigate the possible association of GEN1 variants with breast cancer risk, we sequenced this gene in 617 Polish women with hereditary breast cancer (HBC) and 300 Polish cancer-free controls. No protein-truncating variants were detected in the conserved part of GEN1 (first 480 codons). Two frameshift variants were detected in the last exon of GEN1: c.2515_2519delAAGTT (p.Lys839Glufs*2) and c.1929_1932delAAAG (p.Lys645Cysfs*29). The p.Lys839Glufs*2 variant was detected in 21.1% of 617 HBC cases and 18.4% of 300 controls (p = 0.38). The p.Lys645Cysfs*29 variant was rare, seen in 0.6% of 617 HBC cases and 0.3% of 300 controls. The variant was then detected in 38 (0.24%) of 15,930 unselected breast cancer cases and 8 (0.17%) of 4702 cancer-free female controls from Poland (OR = 1.40, p = 0.49). Clinical characteristics of breast tumors in the 38 carriers of p.Lys645Cysfs*29 and 15,892 non-carriers were similar. Survival was similar among variant carriers and non-carriers (the age-adjusted HR = 0.87, p = 0.76). The wild-type GEN1 allele was retained in all five breast cancers of carriers of p.Lys645Cysfs*29. No cancer type was more frequent in the relatives of 35 p.Lys645Cysfs*29 variant carriers compared to the relatives of 14,592 non-carriers. We conclude that GEN1 is unlikely to be a high or moderate-risk breast cancer susceptibility gene. Our study has clinical implications for genetic counseling and suggests that GEN1 changes should be reclassified as variants of uncertain significance (VUS) when they are detected in clinical testing panels.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».