Comparative genomic analysis of Escherichia coli isolated from cases of bovine clinical mastitis and the dairy farm environment
Notice bibliographique
Résumé
Escherichia coli is a major causative agent of environmental bovine mastitis, and this disease causes significant economic losses for the dairy industry. There is still debate in the literature as to whether mammary pathogenic E. coli (MPEC) is indeed a unique E. coli pathotype or if this infection is merely an opportunistic infection caused by any E. coli isolate being displaced from the bovine gastrointestinal tract to the environment and then into the udder. In this study, we conducted a thorough genomic analysis of 113 MPEC isolates from clinical mastitis cases and 100 environmental E. coli isolates from the environment of dairy farms around the world. A phylogenomic analysis indicated that MPEC and the environmental E. coli isolates formed clades based on common sequence types and O antigens but did not cluster based on mammary pathogenicity. The comparison of core and soft-core genes of each set of isolates identified the three genes of the ferric dicitrate uptake system (Fec), fecI, fecR and fecA, as soft-core genes of MPEC (n=110). These genes were also present in 27 E. coli isolates from environmental sources. Rather than being a virulence gene cluster, it is likely that the Fec system provides a competitive advantage to E. coli in the mammary gland – an iron-poor environment. Using this cluster as a marker for MPEC may offer an opportunity to develop novel treatments for E. coli mastitis, based on its presence.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».