Global Circulation of RSV-A ON1 Genotype Strains without Characteristic 72-Nucleotide Duplication in the G Gene, 2010-2023
Notice bibliographique
Résumé
Background: Human respiratory syncytial virus (RSV) is a primary etiological agent responsible for lower respiratory tract infections in children and older adults. The ON1 genotype replaced all previous strains of RSV-A and is characterized by a 72 base pair duplication in the G gene. Recent studies have reported the absence of this distinct feature. We examine publicly available RSV-A sequences to investigate the loss of this duplication. Methods: RSV-A G-gene and whole genome sequences from human samples collected between January 2010 and December 2023 were downloaded from the (GISAID) EpiRSV database. A total of 15,757 sequences classified as ON1 (alias A.D) were investigated. Sequence metadata including sample collection date, country of submission, and sequencing methods were recorded for RSV ON1 sequences missing the 72 base pair duplication. MAFFT and IQTREE2 were used to generate a maximum likelihood phylogenetic tree. Results: 417 sequences from 27 countries with sampling between 2010 to 2023 were identified without the characteristic 72 base pair duplication. All RSV-A sequences available from Cambodia and Pakistan from 2010-2023 lack the duplication while the remaining 25 countries report RSV-A sequences with and without the duplication. A phylogenetic tree was constructed, revealing that all global sequences with and without the duplication cluster together. Amino acid sequences of ON1 with and without the duplication were examined, showing shared mutations surrounding the duplication site. Conclusions: RSV-A ON1 sequences without the duplication are rare. The absence of the duplication does not interfere with phylogenetic relatedness among sequences with the duplication. The biological and clinical relevance of RSV-A ON1 viruses lacking the G gene duplication require further research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».