Phylogenetic and Structural Insights into Melatonin Receptors in Plants: Case Study in Capsicum chinense Jacq
Notice bibliographique
Résumé
Recently, it has been proposed that plant melatonin receptors belong to the superfamily of G protein-coupled receptors (GPCRs). However, a detailed description of the phylogeny, protein structure, and binding properties of melatonin, which is still lacking, can help determine the signaling and function of this compound. Melatonin receptor homologs (PMTRs) were identified in 90 Viridiplantae sensu lato proteomes using profile Hidden Markov Models (HMM), which yielded 174 receptors across 87 species. Phylogenetic analysis revealed an expansion of PMTR sequences in angiosperms, which were grouped into three clades. Docking studies uncovered a conserved internal melatonin-binding site in PMTRs, which was analogous to the site in human MT1 receptors. Binding affinity simulations indicated this internal site exhibits stronger melatonin binding compared to a previously reported superficial pocket. Ligand–receptor interaction analysis and alanine scanning highlighted a major role of hydrophobic interactions, with hydrogen bonds contributing predominantly at the internal site, while non-interacting charged residues stabilize the binding pocket. Tunnel and ligand transport simulations suggested melatonin moves favorably through the internal cavity to access the binding site. Also, we presented for the first time details of these pockets in a non-model species, Capsicum chinense. Taken together, the structural analyses presented here illustrate opportunities and theoretical evidence for performing structure–function studies via mutations in specific residues within the proposed new melatonin-binding site in PMTRs, shedding light on their role in plant melatonin signaling.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».