Conflicting phylogenetic signals obscure the taxonomic position of <i>Ferula heuffelii</i> (Apiaceae), a rare Southeast European endemic
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Ferula heuffelii (Apiaceae) is a rare endemic species of the Balkan Peninsula, with herbarium specimens collected from a few localities, often during the 19th and early 20th centuries. To determine the phylogenetic position of this species within the genus, we extracted DNA from a few fruits collected in the late 19th century and assembled nearly the entire plastid genome and the complete nrDNA cistron from sequence data obtained through genome skimming. These newly acquired markers were integrated into two previously published datasets: the first comprised three plastid and two nuclear markers, while the second included complete plastid genomes. Using maximum likelihood and Bayesian methods, we found that according to the nuclear data, F. heuffelii clustered with a clade containing species with proliferating compound umbels. This modification, also shared by F. heuffelii, involves a new compound umbel developing in place of a central umbellet, thus forming a pseudoverticillate inflorescence and continuing its monopodial growth. However, this relationship was obscured by incongruence between plastid and nuclear datasets, attributed to poor phylogenetic signal and hybridization. Furthermore, the analysis of complete plastid genomes revealed discrepancies between phylogenetic trees constructed from different parts of the plastid genome. Considering these results, along with additional challenges such as unclear species boundaries and misidentifications, we discuss the difficulties in reconstructing the phylogeny of the genus Ferula.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».