Degradation of brown coal and 1-methylnaphthalene by a <i>Micrococcus luteus</i> isolate: investigation of a novel aromatic degradation gene cluster containing <i>paa</i> genes
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: To identify novel brown coal-degrading bacteria, and elucidate the biochemical pathways involved in brown coal degradation. METHODS AND RESULTS: Four bacterial isolates were identified from the surface of Indonesian brown coal, which can utilize naphthalene and 1-methylnaphthalene as carbon sources for growth. The genome sequence of the best-performing Micrococcus luteus K1 strain was determined. A novel aromatic degradation gene cluster was identified, containing several paa genes normally involved in phenylacetic acid degradation, and also containing genes found on aromatic meta-cleavage pathways. 1-Naphthoic acid was generated from 1-methylnaphthalene by M. luteus K1 whole cell biotransformation, and was also utilized as a growth substrate by M. luteus K1. Recombinant ligase PaaK from the new gene cluster was shown to activate either phenylacetic acid or 1-naphthoic acid to their respective CoA esters, consistent with 1-naphthoyl CoA being an intermediate on the pathway. From metabolite analysis and annotation of the gene cluster, a new 1-methylnaphthalene degradation pathway was proposed, via a benzene oxide-oxepin ring opening. Recombinant mono-oxygenase and extradiol catechol dioxygenase enzymes from the gene cluster were expressed, showing activities consistent with the later steps of the proposed pathway. CONCLUSIONS: A new M. luteus K1 isolate was identified as a brown coal degrader, whose genome contains an unusual aromatic degradation cluster containing paa genes. This cluster is hypothesized to be responsible for 1-methylnaphthalene degradation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».