Phenotypic screens for SIRPA expression reveal RAB21 as a general regulator of macrophage surface identity
Notice bibliographique
Résumé
Factors influencing the macrophage surfaceome define macrophage identity and behavior. Here, we use genome-wide phenotypic screens to identify genes affecting the accessibility and surface expression of macrophage signal regulatory protein alpha (SIRPA). Our data are consistent with previous evidence but also implicate glutaminyl-peptide cyclotransferase-like (QPCTL) in cis CD47-SIRPA interactions. We also identify endolysosomal factors encoded by Ras-associated binding protein 21 (RAB21) and members of the CCC (COMMD/CCDC22/CCDC93) and Wiskott-Aldrich syndrome protein and SCAR homolog (WASH) complexes as modulators of SIRPA expression. Surface immunophenotyping and surfaceome profiling show that inactivation of either Sirpa or Rab21 remodels cell surface protein expression. In contrast to Sirpa, Rab21 appears to be a general regulator of established macrophage cell surface markers. Perturbation of RAB21/Rab21 reduced Fc gamma receptor (FcγR) expression, leading to decreased uptake of antibody-nanoparticle conjugates and impaired phagocytosis of opsonized cells. To summarize, our study describes circuitry controlling SIRPA expression on macrophages and reveals a conserved RAB21-dependent trafficking pathway that has a role in modeling the cell surface of macrophages.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».