Novel insights into the Leishmania infantum transcriptome diversity of protein-coding and non-coding sequences in both stages of parasite development using nanopore direct RNA sequencing
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Leishmania relies on posttranscriptional control to regulate gene expression. Protein-coding genes are synthesised as polycistronic precursors that are processed into individual mRNAs by trans-splicing adding the spliced leader (SL) RNA to the 5’-end and 3’ cleavage-polyadenylation. Here, we employ Nanopore direct RNA sequencing (DRS) combined with Illumina RNA-Seq to comprehensively interrogate the transcriptomes of Leishmania infantum developmental stages at single-molecule resolution. RESULTS: Analysis of DRS full-length reads of poly(A)+-enriched RNA from L. infantum developmental stages enabled us to precisely determine the primary SL and poly(A) sites for 52% of the protein-coding transcripts and to accurately define their 5’- and 3’-end and the length of UTRs. In addition, our analysis confirmed the motifs ‘[C/A/T] A|G’ being associated with 94.8% of the SL cleavage sites and better defined the genomic context for cleavage and polyadenylation. Overall, we observed more diversity for poly(A) than SL sites per transcript. The frequency of the primary SL and poly(A) sites was 64.2% and 24%, respectively, with most transcripts having additional poly(A) sites nearby. Alternative polyadenylation was detected in 11-13% of transcripts with ~ 20% of these having different primary poly(A) sites between promastigote and amastigote developmental stages. Furthermore, DRS uncovered multiple processing events occurring mostly within 3’UTRs, leading to the formation of long non-coding RNAs (lncRNAs). The L. infantum transcriptome expresses a rich repertoire of 1,825 lncRNAs, of which 98% were not previously annotated in L. infantum and only 21.5% were found in L. major. These lncRNAs exhibit generally distinct expression patterns from the 3’UTRs they derived and several are developmentally regulated, representing ~ 27% of the L. infantum stage-regulated transcriptome. Their expression was generally higher in amastigotes than in promastigotes, highlighting their importance in parasite intracellular development. Protein prediction tools combined to mass-spectrometry revealed that 7.6% of these lncRNAs have a limited protein-coding potential. CONCLUSIONS: This is the first comprehensive transcriptomic analysis of L. infantum developmental stages using single-molecule Nanopore DRS. Our findings advance knowledge on existing Leishmania expression datasets and provide new insights into the transcriptome complexity and dynamics of both protein-coding and non-coding sequences throughout the parasite development.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».