A directionally evolved genomic feature in BRSK2 harbors divergent alleles in neurocognitive disorders
Notice bibliographique
Résumé
The human Brain-specific Serine/Threonine Kinase 2 (BRSK2), alternatively known as Synapses of Amphids Defective (SAD)-A, is mainly expressed in the brain, and required for neuronal polarization and differentiation. This gene contains the longest 5' untranslated region (5' UTR) pentanucleotide short tandem repeat (STR), (CGGCT)6, in human. We hypothesized that this exceptional length may confer selective advantage in cognitive functioning in human. The region spanning (CGGCT)6 was sequenced in a sample of 339 unrelated individuals, consisting of cases affected by late-onset neurocognitive disorder (NCD) (N = 163) and matched controls (N = 176). Consequently, we mapped CGGCT motifs and STRs across the human genome and obtained the phylogenetic tree of the BRSK2 sequence spanning the CGGCT STR in 19 species belonging to several orders of mammals, including Rodents, Carnivora, Artiodactyls, Perissodactyla, and Primates. We found that (CGGCT)6 was part of a complex island of 17 consecutive CGGCT motifs/STRs, ranging from 1 to 6-repeats, stretching the BRSK2 core promoter and 5' UTR. Across the human genome, the CGGCT island was unique with respect to density, complexity, and repeat length of CGGCT motifs and repeats. This island was flanked by a 5' UTR CGG STR in its downstream. The evolution of the CGGCT island mainly coincided with the phylogenetic distance of the species studied, and the CGG STR was primate-specific, suggesting directional, rather than random evolution of this complex sequence. While (CGGCT)6 was strictly monomorphic in the human samples studied, a 7-repeat of this motif was detected in the controls only. In another CGGCT repeat inside the CGGCT island, there was a significant excess of homozygosity for a long allele (4-repeat) in the controls (Mid-P = 0.02). At the same locus, a 3-repeat allele was detected in the NCD group only. Additionally, alleles were detected at the extreme short and long lengths of the CGG STR in the NCD group only. Probable diagnosis in the patients harboring divergent genotypes spanned Alzheimer's disease and vascular dementia. We report a novel genomic feature, consisting of a CGGCT motif/STR island, and a CGG STR in BRSK2 that coincide with directional evolution of several orders of mammals. Several polymorphic and rare alleles were divergently distributed in the NCD and control groups across this region, which may reflect a possible link with cognitive functions in human.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».