Description of a contemporary pathogenic Escherichia coli isolated from pigs with post-weaning diarrhea in the United States from 2010 to 2023
Notice bibliographique
Résumé
Post-weaning diarrhea (PWD) due to Escherichia coli in pigs is a significant enteric disease in the U.S. Contemporary data about the main virulence factors, colony morphology, and distribution of virotypes of isolates associated with post-weaning colibacillosis (PWC) is essential information for swine veterinarians, producers, and stakeholders. This study reports the rate of PWC/PWD, frequency of detection of fimbrial types, pathotypes, toxins, virotypes, morphological characteristics, and temporal analysis of the most prevalent virotype of enterotoxigenic E. coli recovered from cases of PWD in pigs in the United States. There was a significant increase in PWC cases submitted to the diagnostic laboratory in 2013, 2014, and 2021, respectively. A greater frequency of detection of F18 fimbrial adhesin (69.87%) was observed compared to F4 (26.19%), F5 (0.25%), F41 (0.13%), AIDA (0.10%), and multiple adhesins (3.46%), respectively. Hybrid ETEC:STEC pathotype was greater than ETEC and STEC, and STb toxin was present in 93.33% of the detected isolates. The most frequently observed virotype was F18:LT:STa:STb:Stx2e (27.71%). Smooth:mucoid colony morphology was associated with a greater likelihood of PWC (0.758, 0.968, and 0.993) compared to smooth, intermediate, and rough, respectively. The frequency of the F18:LT:STa:STb:Stx2e virotype increased across all U.S. states from 2016 to 2023, greatest in the northwest and east of Iowa and northeast Indiana in 2022 and Iowa in 2023. The virulence factors and morphology of enterotoxigenic E. coli associated with PWC across different states in the U.S. from 2010 to 2023 were diverse; nevertheless, the virotype F18:LT:STa:STb:Stx2e predominated and increased in frequency during this time period.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».