Interpreting whole-genome sequencing data during neonatal Klebsiella oxytoca complex outbreak management
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: K. oxytoca generally has a benign susceptibility profile and low virulence but can cause invasive infections in vulnerable populations, like preterm infants. We aim to describe how whole-genome sequencing (WGS) was used to inform management of a prolonged K. oxytoca outbreak on a neonatal intensive care unit (NICU) and implications for outbreak response involving similar organisms. METHODS: We retrospectively reviewed outbreak-associated clinical and environmental isolates from a Swiss NICU. WGS was used to track evolution of resistance and highlighted multiple concurrent outbreaks. WGS was performed using a MiSeq or NextSeq 500 Illumina sequencer. The resulting genome sequences were analysed using Ridom SeqSphere. The current report conforms to ORION reporting guidelines. RESULTS: Of 152 Klebsiella spp. patient-derived isolates, 83 were genotyped using WGS, along with six environmental isolates. This confirmed two outbreak waves (November 2021-February 2022, ST18 wildtype; July 2022-June 2023, main cluster ST18 KI β-lactamase hyperproducer), with multiple genotypically connected clusters during the second wave. Confirmed sepsis (K. oxytoca ST18 wildtype) occurred in four preterm or low birthweight infants. Twins presented a genotypically identical ST with a different susceptibility phenotype (ST18 wildtype vs. K1 OXY-hyperproducer). WGS combined with epidemiological investigation and environmental sampling identified an environmental source. There was a second outbreak wave after source removal, presumably due to the prolonged presence of colonised infants with typically long NICU stays and insufficient standard infection prevention and control measures to prevent transmission. CONCLUSION: WGS use in NICU outbreaks involving low-virulence bacteria can support identification and removal of potentiating environmental sources. These measures, however, will often be insufficient to contain the outbreak, and ongoing WGS surveillance of ubiquitous species may uncover multiple concurrent outbreaks, presumably driven by continuing transfer-transmission between different sources and infants in the NICU. Maximising standard infection prevention and control (IPC) measures is appropriate in this context.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».