Sal is a proteobacterial bile acid aldolase that repurposes key thiolase catalytic residues for retroaldol cleavage of C5 steroid side chains
Notice bibliographique
Résumé
Aldolases hold potential as biocatalysts for synthesis of novel steroid pharmaceuticals. The steroid aldolase from Comamonas testosteroni ( Ct Sal) forms a complex with C. testosteroni steroid hydratase ( Ct Shy). Ct Sal cleaves the C 5 side chain of bile acid thioester steroids, whereas a previously characterized actinobacterial homolog from Thermonospora curvata ( Tc Ltp2) targets the C 3 side chain. We identified Tyr302 and Cys304 as the catalytic residues in Ct Sal, different from the paired Tyr residues found in Tc Ltp2. The 1.95 Å structure of Ct Sal bound to the C-terminal domain of unknown function 35 (DUF35) of Ct Shy ( Ct Shy DUF35 – Ct Sal) reveals a central Ct Sal dimer flanked by two Ct Shy DUF35 domains in an αββα arrangement. Ct Shy DUF35 has a unique Cys 3 His 1 (C 3 H 1 ) zinc finger that shapes the substrate-binding cleft of Ct Sal, preventing the binding of the flat cholesterol rings while accommodating the bent rings of bile acids. Phylogenetically, Sals and Ltp2s form separate clades and are distantly related to thiolases. Intriguingly, a Trypanosoma brucei homolog, annotated as a thiolase-like protein ( Tb SLP), shares catalytic architecture of Ct Sal, suggesting an aldolase rather than a thiolase function. This study provides the first detailed characterization of a C 5 side chain steroid aldolase, revealing its unique catalytic features and expanding our understanding of steroid side chain catabolism in Proteobacteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».