Genomic alterations in the YAP/TAZ pathway are associated with stem cell-like castration-resistant prostate cancer
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Castration-resistant prostate cancer (CRPC) is an aggressive disease exhibiting multiple epigenomic subtypes: androgen receptor-dependent CRPC-AR, and lineage plastic subtypes CRPC-SCL (stem cell-like), CRPC-WNT (Wnt-dependent), and CRPC-NE (neuroendocrine). By transcriptomic profiling of tissue, and whole-genome sequencing (WGS) of tissue and cell-free DNA (cfDNA) from 500 samples, we relate genomic variants with epigenomic state. We find lineage plasticity is associated with higher epigenomic and genomic heterogeneity. Samples with CRPC-SCL show higher chromosomal instability. We find DNA alterations, particularly chromosomal rearrangements, in the YAP/TAZ pathway associated with CRPC-SCL. For example, complex rearrangements on chromosome 4, which are supported by patient-matched 3D genome architecture data, decrease promoter interactions of MOB1B , a YAP/TAZ pathway inhibitor, with its enhancers. Together, the genomic variants in the pathway can predict CRPC-SCL with 79% accuracy. We show the utility of cfDNA WGS for joint inference of epigenomic state and genomic variants, which can guide patient stratification for clinical decisions. Significance This study reveals genomic variants associated with the presence of lineage-plastic CRPC stem cell-like state. We leverage the utility of minimally invasive cfDNA sequencing to obtain genomic and epigenomic insights about CRPC heterogeneity, which have implications for patient stratification for treatment decisions.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».