Genetic testing for Parkinson's disease in Israel: Insights from the Rostock Parkinson's Disease (ROPAD) study
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: We examined the yield of a large-scale genetic testing for patients with Parkinson's disease (PD) in Israel, where risk factor variants in GBA1 and/or the pathogenic p.Gly2019Ser variant in LRRK2 are prevalent among the Ashkenazi Jewish population. METHODS: This study included data from all Israeli movement disorder clinics participating in the Rostock Parkinson's Disease (ROPAD) study. Patients were tested for variants in eight PD-related genes and 37 genes with possible phenotypic overlap. RESULTS: The sample consisted of 2699 PD patients recruited in three phases (1702 [63.1 %] males, mean age at onset 59.2 ± 10.6 years, 718 [26.6 %] with a family history of PD). Positive PD-relevant genetic test (PDGT) results were obtained in 512 participants (19.0 %). Among 187 (6.9 %) patients the results were due to pathogenic variants only in LRRK2, in 283 (10.5 %) due to risk factor variants only in GBA1, and another 15 patients (0.6 %) were carriers of variants in both genes. Twenty-six subjects (1.0 %) had a positive PDGT based on findings in PRKN (n = 19), PINK1 (n = 4), PARK7, SNCA, or VPS35 (one in each gene), and an additional patient had dual findings (GBA1 and SNCA). The most prevalent variants were LRRK2 p.Gly2019Ser and GBA1 p.Asn409Ser, detected in 191 (7.1 %) and 173 (6.4 %) patients, respectively. Excluding patients harboring only LRRK2 and/or GBA1 variants, the yield was 27/2214 (1.2 %). Seven participants, including one with a positive PDGT, had positive testing findings in genes related to dystonia (GCH1 and TOR1A) and dementia (MAPT). CONCLUSIONS: Genetic testing for Israeli PD patients is beneficial, while the yield is primarily attributed to LRRK2 and GBA1 variants.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».