Genomic analysis of <i>Alternaria alternata</i>, the causal agent of black spot disease in Korla fragrant pears (<i>Pyrus sinkiangensis</i> Yü) in China
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Alternaria alternata is a pathogenic fungus that adversely affects fruit crops and causes substantial economic loss. A specific strain of A. alternata (A923) was successfully isolated and identified from Korla fragrant pears ( Pyrus sinkiangensis Yü). The ability of this strain to induce black spot disease in pears was verified. A combination of Illumina and PacBio Sequel sequencing was used to obtain the genome sequence for understanding the A923 strain. The assembly process revealed that the genome consists of 36 070 468 bp (36.07 Mb). Consequently, the analysis primarily focused on the genes associated with pathogenicity. These findings revealed the presence of 794 CAZymes, including 119 glycosyltransferases, 26 polysaccharide lyases, 153 carbohydrate esterases, 161 auxiliary activities, 19 carbohydrate-binding modules, and 316 glycoside hydrolases. A database of fungal virulence factors identified 1258 genes in strain A923. CUTI_ALTBR, a member of the cutinase family, is responsible for catalyzing the hydrolysis of cutin, a polyester that forms the structure of the plant cuticle. This enzymatic activity allows the pathogenic fungi to breach the cuticular barrier during the initial stages of infection. Cytochrome P450 family analysis successfully annotated 11 458 genes (97.63%). The results obtained in this study provide a useful resource for further investigation of this pathogen and its pathosystem.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle