The Identification of Proteolytic Substrates of Calpain-5 with N-Terminomics
Notice bibliographique
Résumé
Calpain-5/CAPN5 is a calcium-activated, non-lysosomal cysteine (thiol) protease. The substrate repertoire of CAPN5 is not known. Calpains catalyze limited proteolysis of their substrates, generating neo-N-termini that correspond to internal residues of their nascent substrate proteins. To identify such neo-N-termini generated by CAPN5, we employed an N-terminomics approach called TAILS (Terminal amine isotopic labeling of substrates) to quantitatively compare the N-terminal peptides detected in parental and CAPN5-deficient SH-SY5Y neuroblastoma cells. Thirty neo-N-termini corresponding to 29 protein groups and 24 unique proteins were detected to be depleted in the CAPN5−/− cells. A subset of the identified putative substrates was further studied with CAPN5 co-immunoprecipitation, in vitro calcium-induced CAPN5 proteolysis assay, and their cellular fragmentation patterns were compared in parental and CAPN5-deficient SH-SY5Y cells. Here, we provide evidence for CAPN5-mediated proteolysis of the synaptic proteins DLGAP4, IQSEC1 and MPDZ, the neurodegeneration-related EWS, hnRNPU, TFG and UGP2, the DNA replication regulator MCM3, and the neuronal differentiation regulator LMTK1. Our data provide new relevance for neovascular inflammatory vitreoretinopathy (NIV), a progressive eye disease caused by pathogenic mutations in CAPN5. Data are available via ProteomeXchange with identifier PXD064313.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».