Population-based microbiological characterization of <i>Nocardia</i> strains causing invasive infections during a multiyear period in a large Canadian healthcare region
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT The role of specific Nocardia species in human infections continues to expand as advanced methods enable species/species complex identification. We conducted a multiyear population-based (2010–2022) characterization of invasive Nocardia spp. Isolates were analyzed using matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and 16S rRNA gene sequencing. A total of 94 cases and 117 unique 16S rRNA gene sequences were evaluated from pulmonary (53%), skin and soft tissues (SSTIs) (29%), central nervous system (CNS) (7%), bloodstream (6%), and other sites of infection. Infections were mainly caused by three species complexes: N. farcinica ( n = 20, 21.3%), N. cyriacigeorgica ( n = 16, 17%), and N. nova ( n = 15, 16%). Phylogenetic analysis correlated with the clinical site of infection. Most N. cyriciageorgica (92%) complex isolates caused SSTIs or pulmonary infections, and most N. farcinica complex (67%) and N. nova complex (69%) isolates caused pulmonary and CNS infections, respectively. Several other unique Nocardia spp. rarely caused invasive infections (≤5 cases): (i) pulmonary ( N. abscessus complex, N. amamiensis , N. asteroides , N. otitidiscaviarum complex, N. sputorum , N. transvalensis complex, Nocardiopsis spp., Pseudonocardia spp.); (ii) SSTIs ( N. otitidiscaviarum complex); and (iii) CNS ( N. flavorosea and N. paucivorans complex). Nocardia species were highly susceptible to amikacin, trimethoprim-sulfamethoxazole, moxifloxacin, and linezolid. Imipenem resistance occurred in the N. farcinica complex and N. nova complex, while ceftriaxone resistance only occurred in the former. Antibiotic profiles varied for rare Nocardia spp. Species-level Nocardia identification using MALDI-TOF MS and 16S rRNA gene sequencing improves understanding of these organisms’ unique roles in causing invasive disease. IMPORTANCE Nocardia spp. are a rare cause of invasive infections, particularly in immunocompromised patients. The role of specific Nocardia species in human infections continues to expand as advanced methods enable species/species complex identification. We conducted a multiyear population-based (2010–2022) characterization of invasive Nocardia spp. Isolates were analyzed using matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) and 16S rRNA gene sequencing. A total of 94 cases included pulmonary infections (53%), skin and soft tissue infections (29%), central nervous system infections (7%), bloodstream infections (6%), and septic arthritis and intra-abdominal infections (5%). One hundred seventeen unique 16S rRNA gene sequences from clinical isolates were analyzed. Phylogenetic analysis correlated with the clinical site of infection. Nocardia species were highly susceptible to amikacin, trimethoprim-sulfamethoxazole, moxifloxacin, and linezolid. Imipenem resistance only occurred in N. farcinica complex and N. nova complex strains, and ceftriaxone resistance only occurred in the former. Species-level Nocardia identification using MALDI-TOF MS and 16S sequencing improves understanding of these organisms’ unique roles in invasive disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».