Expression of Concern: Analysis of SARS-CoV-2 variants from 24,181 patients exemplifies the role of globalization and zoonosis in pandemics
Notice bibliographique
Résumé
An Expression of Concern onAnalysis of SARS-CoV-2 Variants From 24,181 Patients Exemplifies the Role of Globalization and Zoonosis in Pandemics,By Colson P, Fournier P-E, Chaudet H, Delerce J, Giraud-Gatineau A, Houhamdi L, Andrieu C, Brechard L, Bedotto M, Prudent E, Gazin C, Beye M, Burel E, Dudouet P, Tissot-Dupont H, Gautret P, Lagier J-C, Million M, Brouqui P, Parola P, Fenollar F, Drancourt M, La Scola B, Levasseur A and Raoult D (2022) Analysis of SARSCoV-2 Variants From 24,181 Patients Exemplifies the Role of Globalization and Zoonosis in Pandemics. Front. Microbiol. 12:786233. doi: 10.3389/fmicb.2021.786233Following publication, it was brought to our attention that the ethical approval for this study referred to the same ethics approval number 2020-016-03 that had been used across a series of unrelated published studies (1–10). Additionally, an issue around the potential need for approval from a Comité de Protection de Personnes was raised and remains unresolved.An investigation conducted by the Comité d'éthique at Aix-Marseille Université confirmed that this study is retrospective and did not require approval from a Comité de Protection de Personnes. The institution stated that the quoted ethics approval 2020-016-03 is a generic opinion concerning the study of genetic diversity and evolution of SARS-COV-2 which is valid for any study on this topic.Frontiers has not received the necessary documentation to confirm these statements.1. Dao TL, Hoang VT, Nguyen NN, Delerce J, Chaudet H, Levasseur A, et al. Clinical outcomes in COVID-19 patients infected with different SARS-CoV-2 variants in Marseille, France. Clin Microbiol Infect. 2021 Oct 1;27(10):1516.e1-1516.e6. 2. Hoang VT, Colson P, Levasseur A, Delerce J, Lagier JC, Parola P, et al. Clinical outcomes in patients infected with different SARS-CoV-2 variants at one hospital during three phases of the COVID-19 epidemic in Marseille, France. Infect Genet Evol. 2021 Nov 1;95:105092. 3. Gautret P, Houhamdi L, Nguyen NN, Hoang VT, Giraud-Gatineau A, Raoult D. Does SARS-CoV-2 reinfection depend on virus variant? Clin Microbiol Infect. 2021 Sep 1;27(9):1374–5. 4. Hoang VT, Assoumani L, Delerce J, Houhamdi L, Bedotto M, Lagier JC, et al. Introduction of the SARS-CoV2 Beta variant from Comoros into the Marseille geographical area. Travel Med Infect Dis. 2022 Mar 1;46:102277. 5. Colson P, Fantini J, Yahi N, Delerce J, Levasseur A, Fournier PE, et al. Limited spread of a rare spike E484Kharboring SARS-CoV-2 in Marseille, France. Arch Virol. 2022 Feb 1;167(2):583–9. 6. Colson P, Delerce J, Burel E, Beye M, Fournier PE, Levasseur A, et al. Occurrence of a substitution or deletion of SARS-CoV-2 spike amino acid 677 in various lineages in Marseille, France. Virus Genes. 2022 Feb 1;58(1):53–8. 7. Colson P, Delerce J, Pontarotti P, Devaux C, La Scola B, Fantini J, et al. Resistance-associated mutations to the anti-SARS-CoV-2 agent nirmatrelvir: Selection not induction. J Med Virol. 2024;96(2):e29462. 8. Colson P, Chaudet H, Delerce J, Pontarotti P, Levasseur A, Fantini J, et al. Role of SARS-CoV-2 mutations in the evolution of the COVID-19 pandemic. J Infect. 2024 May 1;88(5):106150. 9. La Scola B, Lavrard P, Fournier PE, Colson P, Lacoste A, Raoult D. SARS-CoV-2 variant from India to Marseille: The still active role of ports in the introduction of epidemics. Travel Med Infect Dis. 2021 Jul 1;42:102085. 10. Colson P, Levasseur A, Delerce J, Pinault L, Dudouet P, Devaux C, et al. Spreading of a new SARS
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,014 | 0,026 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».