Identification of Renal Transcripts Associated with Kidney Function and Prognosis in ANCA-Associated Vasculitis
Notice bibliographique
Résumé
Key Points Large-scale kidney transcriptomics identifies a 12-gene signature, including CLU and C3 , predicting kidney failure in ANCA-associated vasculitis. This molecular signature outperformed Berden, renal risk score, and ANCA kidney risk score clinicopathologic classifications. ANCA-associated vasculitis with GN kidneys show broad immune dysregulation, notably in complement, TGF β , and immunometabolism pathways. Background ANCA-associated vasculitis with GN (AAV-GN) frequently progresses to kidney failure. However, tools for risk stratification of kidney outcomes remain limited. Existing approaches inadequately capture the molecular complexity underlying kidney injury, despite its potential value to tailor therapeutic management. We explored whether kidney transcriptomics could identify molecular signatures linked to kidney outcomes. Methods We included 199 patients with AAV-GN from two multicenter biobanks, and 23 controls. Kidney biopsies were profiled using NanoString nCounter to assess the expression of 750 immune-related genes. We conducted differential gene expression analysis, pathway enrichment analysis, and immune cell infiltration estimation to explore associations with kidney function and survival. A 12-gene prognostic signature was developed through least absolute shrinkage and selection operator–penalized Cox regression and compared with established histologic classifications (Berden classification, renal risk score, and ANCA kidney risk score) with robust internal validation. Results AAV-GN demonstrated extensive immune dysregulation with 150 differentially expressed genes versus controls, highlighting complement activation, immune cell recruitment and activation, TGF β signaling, and immunometabolism pathways. Immune cell infiltration was marked by increased macrophages, dendritic cells, neutrophils, and T-cell subsets, reflecting broad immune activation. Initial eGFR correlated with the expression of 319 genes. A 12-gene signature ( CLU , C3 , LTF , FLT1 , PLCG2 , FES , PRKCD , TXNIP , SLC7A5 , PTEN , NRBF2 , and NFATC1 ) was significantly more strongly associated with kidney survival than were established histologic classifications (adjusted P value < 0.0001). Both high expression and low expression of several immune pathways (especially lymphocyte trafficking) were associated with better outcomes compared with intermediate expression. Conclusions Transcriptomic analysis of kidney biopsies in AAV-GN identified 150 differentially expressed immune-related genes and led to the development of a 12-gene signature that correlated strongly with kidney survival, outperforming established histologic classifications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».