Differential methylation of SNCA and MAPT genes associated with Parkinson’s disease in Mexican Mestizos
Notice bibliographique
Résumé
Introduction Parkinson’s disease (PD) is a neurodegenerative disorder characterized by motor symptoms such as bradykinesia, rigidity, and tremor. Despite its prevalence, genetic and epigenetic studies in the Mexican Mestizo population (individuals of mixed Indigenous and European—primarily Spanish—ancestry who represent the majority demographic in Mexico) remain limited. DNA methylation may play a role in PD pathogenesis, with peripheral blood methylation patterns serving as potential biomarkers. This study examines MAPT and SNCA gene methylation in Mexican PD patients to identify epigenetic alterations associated with the disease. Methods In this case-control study, we enrolled 108 PD patients and 108 age- and sex matched controls from Mexico City and Durango. Genomic DNA was extracted from leukocytes, and bisulfite pyrosequencing was performed to assess methylation levels at specific CpG sites within MAPT and SNCA. Results Our analysis revealed a significant reduction in global methylation levels in the MAPT promoter region and SNCA intron 1 in PD patients compared to controls (MAPT, p = 0.0019; SNCA, p = 0.000069). Site-specific analysis showed significant hypomethylation at MAPT CpG sites 1, 4, 10–11 and at SNCA CpG sites 1–3, 5–7 and, 25 in PD cases. Regional analysis (central and northern México) revealed significant differences in MAPT methylation between PD patients and controls exclusively in the northern region (p = 0.0039) and in SNCA methylation only in the central region (p = 0.00001). Gender-based stratification indicated that MAPT methylation was significantly different in men (p = 0.0013), whereas SNCA methylation differences were significant only in women (p = 0.00045). We found an association between global methylation patterns of MAPT (OR = 1.182, 95% CI = 1.029–1.197, p = 0.007) and SNCA (OR = 1.243, 95% CI = 1.067–1.448, p = 0.005) with PD. Gender-stratified regression showed that MAPT methylation was significantly associated with PD exclusively in men (OR = 1.182, 95% CI = 1.041–1.342, p = 0.010), whereas SNCA methylation was significantly associated with PD only in women (OR = 1.337, 95% CI = 1.044–1.713, p = 0.021). Conclusion Our findings reveal significant MAPT and SNCA hypomethylation in PD patients within the Mexican Mestizo population. These epigenetic modifications may contribute to PD pathogenesis and highlight the potential of DNA methylation profiles as biomarkers for PD, particularly in regional- and gender-specific contexts. This study advances the understanding of PD’s molecular mechanisms and underscores the importance of studying diverse populations to identify novel disease biomarkers.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».