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Enregistrement W4412163754 · doi:10.1158/1557-3265.aimachine-b010

Abstract B010: From RECIST to reality: A foundation model pipeline for scalable therapy response evaluation

2025· article· en· W4412163754 sur OpenAlexaffabout
Katarina Vučić, Caryn Geady, Katy L. Scott, Joshua Siraj, Andrew Hope, Benjamin Haibe‐Kains

Notice bibliographique

RevueClinical Cancer Research · 2025
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueMedical Imaging Techniques and Applications
Établissements canadiensVector InstituteStructural Genomics ConsortiumUniversity Health Network
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPipeline (software)MedicineFoundation (evidence)Response Evaluation Criteria in Solid TumorsMedical physicsComputer scienceOncologyIntensive care medicineInternal medicineChemotherapyProgressive diseaseProgramming languagePolitical science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Motivation: Quantifying tumor burden is central to response assessment in oncology clinical trials and treatment monitoring. Despite widespread use, the clinical standard Response Evaluation Criteria in Solid Tumors (RECIST) has several limitations: it relies on unidimensional measurements of a limited set of lesions, ignores volumetric change, and exhibits high interobserver variability. These constraints limit its sensitivity in complex disease presentations, ultimately affecting treatment decisions and trial outcomes. Volumetric tumor assessment is more robust and sensitive, but the process of manual segmentation is impractical at scale. Advances in deep learning and foundation models provide an opportunity to transform response evaluation by automating volume estimation with minimal human input. Methods: We present AI-Augmented Response Assessment (AAuRA), a novel computational workflow that leverages existing RECIST-like measurements to seed MedSAM—a foundation model for semi-automated medical image segmentation. As a proof-of-concept, we reverse-engineer RECIST annotations by decomposing 3D tumor segmentations to extract the longest axial diameter and its perpendicular, to generate bounding boxes that simulate RECIST-based input. We evaluate AAuRA on two public computed tomography imaging datasets with tumor segmentations: LIDC-IDRI and NSCLC-Radiogenomics. Performance is assessed using Volumetric Dice Similarity Coefficient (DSC), 95th percentile Hausdorff Distance (95HD), Added Path Length (APL), and Pearson correlation between predicted and ground truth volume. To account for size-related bias in spatial metrics, APL and 95HD are normalized by tumor volume. Results: In the NSCLC-Radiogenomics dataset, AAuRA achieved a mean DSC of 0.72, APL of 0.20, and 95HD of 0.01. In the LIDC-IDRI dataset, the mean DSC was 0.50, with an APL of 0.42 and 95HD of 0.11. Volume predictions from AAuRA demonstrated strong correlation with ground truth segmentations: the Pearson correlation coefficient was 0.86 (p < 0.001) and 0.90 (p < 0.001) for the LIDC-IDRI and NSCLC-Radiogenomics datasets, respectively. Segmentation performance was lower for smaller, ill-defined lesions—highlighting known limitations of current foundation models and motivating the need for domain-specific adaptation and fine-tuning. Outlook: AAuRA serves as a clinically viable bridge between current standards and AI-augmented tools for therapy response evaluation. Using familiar annotations as input, AAuRA can avoid disruptive changes to clinical workflows while enhancing accuracy and scalability of tumor burden assessment. This work highlights how clinically meaningful priors—like RECIST—can be repurposed to guide foundation models, offering a blueprint for real-world deployment of AI in medicine. Future work will extend the pipeline to real RECIST annotations across diverse disease sites and explore integration into prospective imaging workflows. AAuRA’s modular design also enables adaptability to new foundation models and evolving segmentation standards. Citation Format: Katarina Vucic, Caryn Geady, Katy L. Scott, Joshua Siraj, Andrew J. Hope, Benjamin Haibe-Kains. From RECIST to reality: A foundation model pipeline for scalable therapy response evaluation [abstract]. In: Proceedings of the AACR Special Conference in Cancer Research: Artificial Intelligence and Machine Learning; 2025 Jul 10-12; Montreal, QC, Canada. Philadelphia (PA): AACR; Clin Cancer Res 2025;31(13_Suppl):Abstract nr B010.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,006
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,014
Score d'incertitude au seuil0,045

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,006
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,002
Bibliométrie0,0010,000
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0020,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0130,005

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,599
Tête enseignante GPT0,672
Écart entre enseignants0,073 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreMéthodes

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2025
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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