P.055 Novel pipeline for triage of variant of uncertain significance reclassification in epilepsy genomics
Notice bibliographique
Résumé
Background: Increased availability of genetic testing has led to increased burden of follow up of variants of uncertain significance (VUS). As of January 2025, 327 VUS were identified patients at BC Children’s Hospital. We propose a pipeline to triage and follow up of patients with identified VUS to clarify diagnosis through paternal testing. Methods: Of the 327 patients with VUS, 13 patients with high clinical suspicion for a genetic disorder were identified by their neurologist. Initial chart review for each patient was performed. Clinical phenotype data and the patient’s variant were inputted into the online tool Franklin. This program generates a variant interpretation based on 17/ 28 criteria in ACMG scoring. For each patient the variant would be assumed to be de novo in order to determine if parental testing could change variant classification. Results: 5/13 of the patients had suggested reclassification of variants. 6/13 of the patients would have reclassification of variant to likely pathogenic/pathogenic if the variant was found to be de novo, suggesting a need for paternal testing. Conclusions: This highlights a novel clinical pipeline to improve expediency and triaging of VUS reclassification for paternal testing in epilepsy genomics.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,016 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,020 | 0,006 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».